Ekosistem Skadarskog jezera je izuzetno složen, submediteranskog tipa, sa dominacijom slatkovodnih i močvarnih biotopa naročito uz sjevernu obalu, ali i prisustvom šumošikara, gariga i kamenjara na južnim karstnim padinama, što sveukupno ukazuje na florističku i vegetacijsku raznovrsnost i bogastvo.
Zajednica algi Skadarskog jezera, odlikuje se raznovrsnošću mikrofitskih i makrofitskih predstavnika. Od mikrofitskih, koje mahom obuhvataju planktonske i epifitske oblike, determinisano je čak 930 vrsta, varijeteta i formi, u okviru 174 roda. Posebno mjesto među vodenim makrofitama ima makrofitska algoflora i među njima hare sa 24 vrste.
Močvarna vegetacija zauzima veliki prostor uz sjevernu obalu i zalive. Čine je zajednice flotantnih (žuti ibijeli lokvanji, kasoranja…) i emerznih (trska, rogoz…) biljaka. Od višestrukog je značaja za ekosistem Skadarskog jezera u cjelini, a posebno kao mrijestilište većeg broja riba i gnjezdilište i hranilište mnogih ptica.
Od posebne važnosti za samo Jezero i njegov metabolizam jesu zajednice submerznih biljaka (ispod površine vode).
Na vodoplavnim terenima egzistiraju vrste roda vrbe - Salix gradeći, uglavnom šumarke i šumu „Manastirka tapija“ na ušću Morače, koja pokazuje ekspanziju širenja.
Južnu, kamenitu obalu Jezera karakterišu degradirani tipovi šumske vegetacije: šumošikare, garige i kamenjari. U šumošikarama viših položaja najčešća vrsta je belograbić. Gradi različite zajednice u kojima su više vrsta hrasta, nar, drača, zanovijet, jasen, zelenika, kostrika i dr. U neposrednoj blizini NP, u Krajini, nalazi se stara, dobro očuvana šuma pitomog kestena. Gariga i kamenjar predstavljaju krajnji stepen degradacije vegetacijskog pokrivača.
Karakteristična je zajednica Stipo-salvietum sa prostranim površinama obraslim pelimom. Osim pelima, u bogatoj flori ljekovitog, medonosnog i aromatičnog bilja, zastupljeni su: vrijes, smilje, ruzmarin, glog, vranilova trava, različite vrste mente i bosiljka, lovor, kantarion, hajdučka trava i dr. Bliže Jezeru, a posebno na ostrvima, nalaze se ostaci makije sa hrastom crnika i lovorom. Iako se radi o degradiranoj vegetaciji, odlikuje se raznovrsnom florom bogatom ljekovitim, aromatičnim i medonosnim biljem, ali i prisustvom značajnog broja endema i zakonom zaštićenih biljnih vrsta.
Endemičnu floru predstavljaju: srpska ramonda, žuta divlja lala (Zakonom zaštićene), nježna kockavica, šafrani, zanovijet, modro lasinje, svilena i dalmatinska žutilovka, divlji komorač, kuglasto devesilje i dr., topliji submediteran kai npr Ravni Kotari i juzna Dolina Neretve, toplije od unutrasnje Istre, cak, uz kanjom morace prema jugu na izlazu iz Podgorice, ima Zelenike cist 8.b, mogu Kanarke uz zastitu dok su male, mislim a Ulcinj po toj Logici mora biti bar 9zona mada je najhladniji veci grad na obali. ali ima i najmanje padalina on je vec cista mediteranska klima, Ulcinj centar
